เนื่องจากงานฟื้นฟูแนวปะการังใต้น้ำจะเป็นงานระยะยาว ใช้เวลายาว และจำเป็นที่จะต้องดำเนินการต่อเนื่องและติดตามผลการทำงานต่อไปในอนาคต อีกทั้งยังเป็นการรวมตัวของกลุ่มนักดำน้ำอาสาสมัครจำนวนมาก จึงควรมีการจัดตั้งเป็นทีมงานถาวรเพื่อสืบสานงานที่ทำในครั้งนี้ต่อไป จึงมีความเห็นร่วมกันที่จะจัดตั้งมูลนิธิ โดยใช้ชื่อว่า “ มูลนิธิเพื่อทะเล ” (For Sea Foundation) และได้จดทะเบียนถูกต้องตามประมวลกฎหมายแพ่งและพาณิชย์ เมื่อวันที่ 4 เมษายน 2548

โดยมีคณะทำงาน 9 ท่านที่ได้รับการเสนอชื่อก่อนหน้านี้ เป็นผู้ร่วมก่อตั้ง และจะดำเนินการต่อไปในนามของมูลนิธิ แทนโครงการเดิมที่ใช้ชื่อว่า เพื่อฟื้นฟูแนวปะการังที่ได้รับผลกระทบจากสึนามิ